Voor de verschillende werkvelden van de Raad zijn er beraadgroepen en (net)werkgroepen die, gevraagd en ongevraagd, adviseren over kerkelijke en maatschappelijke ontwikkelingen. Enkele van deze groepen zijn een samenwerkingsverband met andere organisaties.
Geloof en kerkelijke gemeenschap
- Beraadgroep Geloof en kerkelijke gemeenschap
- Beraadgroep Duurzaam Samenleven
- Redacties vierdeschepping.nl, kerkenmilieu.nl en inspiratie-tuinen.nl
- Commissie Oecumenisch Leesrooster
- Werkgroep Week van Gebed voor eenheid van christenen – samenwerkingsverband
Leven en werk
- Werkgroep Vrede en Oorlog
- Werkgroep Science
- Werkgroep Vluchtelingen
- Netwerkgroep Schepping en Duurzaamheid
- Knooppunt Armoede
- Participatie in: Stichting Heilzame verwerking slavernijverleden, Eén tegen eenzaamheid, Veilige kerk en Inspiratiefestival
Interreligieuze ontmoeting
- Contactgroep Islam
- Contactgroep Hindoes-Christenen
- Overleg Joden, Christenen en Moslims (OJCM) – samenwerkingsverband
- In Vrijheid Verbonden (IVV) – samenwerkingsverband
Daarnaast functioneert het referentschap Interreligieuze ontmoeting.
De beraadgroepen worden door de plenaire Raad ingesteld.
Iedere lidkerk en geassocieerde lidkerk heeft het recht op deelname aan de beraadgroepen. Lidkerken kunnen daartoe namen voorstellen aan het moderamen. Op voordracht van het moderamen worden zij vervolgens door de plenaire Raad benoemd.
Beraadgroepen kunnen niet zelfstandig in de publiciteit treden of standpunten naar voren brengen. Het zijn de kerken die tezamen in de Raad de verantwoordelijkheid daarvoor op zich nemen.